C’est donc en qualité de shinobi, apprenti Ninja, que le joueur doit tout d’abord, en compagnie des personnages connus de Naruto et, parmi lesquels ceux, qui maîtrisent déjà les techniques : Aijutsu, Enjutsu et Injutsu, issues des arts martiaux ; s’initier à son tour à ces arts.
Ainsi, associé à Senju, Uchiha ou encore Uzumaki, le joueur se donne à fond pour maîtriser ces techniques de combat afin de développer son agilité et sa stratégie à venir…
En effet, pour les suites de l’aventure où il sera accompagné d’autres personnages qu’il aura recruté en chemin, ce sont de nombreux défis qui l’attendent.
Konoba le village bien connu marque le début des aventures. Ensuite, des lieux connus comme : la vallée de la fin ou encore le temple de feu, sont aussi au programme des nombreuses explorations par zones dans le jeu Ninja : Héritiers du pouvoir.
Tous les adeptes de Naruto sont ainsi et immédiatement plongés dans un environnement qu’ils connaissent déjà.
Pour le gameplay du jeu, celui-ci reste classique, les mécaniques de jeu restent identiques, le joueur doit réaliser des quêtes, des défis, il doit combattre mais avant cela apprendre les techniques de combats, la progression est rapide et le joueur est sans cesse occupé, ainsi, l’ennui n’est pas vraiment de rigueur dans, Ninja Héritiers du Pouvoir.
L’étape d’apprentissage des arts martiaux se réalise librement, selon la dextérité du joueur, forcément, certains apprendront plus vite que d’autres, mais la prise en mains du jeu reste simple dans l’ensemble.
Au fur et à mesure de la progression dans le jeu, de nouvelles fonctionnalités apparaissent, sachant que le joueur évolue zones par zones et que les difficultés vont donc crescendo…